继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：伊丽莎白·莫斯 杰米·贝尔 瓦格纳·马拉 菲莉帕·苏 玛德琳·布鲁尔 克里斯托弗·邓汉 克里斯·乔克 艾米·布伦尼曼 乌尔里奇·汤姆森 迈根汉·杰拉基斯 埃里卡·亚历山大 亚历克斯·古德里奇 朱利安·奥夫拉多斯 凯伦·罗德里格斯 玛德琳·贝尔德 萨迪尔·里法伊 克里斯·梅斯特 迪安娜·里德-福斯特 杰森·威尔斯 凯文·古达尔 奈特·伯格 塔姆森·格拉瑟 马克·格拉佩 Richard Cotovsky 布赖恩·伯兰德 汉娜·德沃金 艾尔·贾里尔·麦基 安琪尔·佩德拉萨
热度：995°C